唐晨当场罢免县丞职务，着师爷担任，废掉原县丞，典吏不听，说非朝廷命令，杀不听话的杀攒典，罢免正吏，命全部杂役为正吏，命张师爷为县丞，唐晨掌握上海县全县文书档案、仓库、粮马、征税等权。这里展开唐晨和师爷关于取利于民与取利于绅的矛盾。

县丞和主簿找陆家，陆家让他们隐忍，很快唐晨要被革职。

崇祯十五年十二月，夫人来上海。朝廷得到消息。

唐晨开始了疯狂种田模式，继续招募乡勇两百壮大护卫总队，开始着县丞师爷准备成立银行，着李贵做工房典吏，协助县丞师爷造钱。以及负责召回工匠，研制新的钢铁冶炼技术和燧发枪，成立纺织公司，开始一统纺织业。

两月后，崇祯十六年正月，挤垮陆家纺织市场，陆家老太爷得知大怒，说唐晨擅杀官吏士子、祸乱上海，还与民争利。加上被废县丞和主簿在一旁煽阴风点鬼火，又觉得唐晨很快就要被罢官，严斥唐晨如同谋反，无法无天，一命要命人去外面告状，一面组织士子和被革官差大闹县衙，一面以金山卫千户的官职为诱惑要求黄浦巡检司派官兵来维持秩序，对抗县衙，同时让唐晨去他那里请罪。唐晨则直接封锁了城门，直接调令护卫队官兵屠杀士子，击退黄浦巡检司的官兵，将场面镇压了下去。陆家老太爷这才知道自己一时也无法抵抗，只能在家中发脾气。

崇祯十六年三月，唐晨趁机以通倭作乱之罪，革除黄浦巡检司的官职，收黄浦巡检司，扩兵至一千人，命杨忠领黄浦巡检司，同时，陆家太老爷还要派人去告状，说唐晨要谋反，称帝自立，同时自己也要组织乡勇，唐晨杀要出城的陆家仆人。以通倭谋反之罪强制羁押陆家太老爷，而且，朝廷旨令也到了，唐晨没有被罢官，而且有便宜之权，唐晨更加肆无忌惮，说其包庇家奴，太老爷人又被羁押，陆家被满门抄斩。郑成功得唐晨之命，抄没主簿全家。李章负责抄没县丞全家。三人被押解刑台处斩，士绅们观看。

唐晨官威已立，士绅敢怒不敢言，崇祯十六年四月，唐晨命黄浦巡检司征税，只想让唐晨做高官的师爷反对，被唐晨热血影响的郑成功支持，唐晨决定在南门成立税务司，本地乡绅纷纷关门歇业罢市，外地乡绅企图顽抗，有董祖源家的和钱谦益家的以及王铎家的。而本地乡绅顾家则阴谋发动地方苦力造反。但唐晨以成立了工程司，开始招募大量苦力修城墙和建码头，解决了劳动力缺乏，让乡绅们功亏一篑，顾家人被卖了出来，崇祯十六年五月，被唐晨果断抄家。人头丢于各乡绅家，同时，小贩和中下层商户被鼓励经营，允许三月无息贷款，为官家采购木头，开海允许各地番夷来南门外滩借居十年。于是南门外的商户越来越多，有乡绅趁机作乱，被唐晨用官兵打了回去，最终崇祯十六年八月开始，大量乡绅实在是亏不起，只得复市，按规矩缴税。

崇祯十六年九月，唐晨招募西洋人购买战列舰，制造战舰，出售纺织品与钟表等，渐成规模，此时外地士绅已经上海之事报于松江府知府陈亨（福建侯官人），松江府知府已同吴淞副总兵官夏永德率兵两千来攻，甚至勒令唐晨解散护卫队和海防队，除黄浦外，十一个巡检司和乡绅也组织官兵五千余来攻打县衙。崇祯十六年十月，唐晨先灭了知府，俘虏了松江总兵官，又击退了五千余官兵。唐晨杀知府，以发生倭乱上报，言护卫队不能撤，献人头和缴贼白银五千两，钱三万，于巡抚衙门。