艾能奇成功攻占拉萨的行动基本上彻底终止这场战争，经过此战格鲁派势力基本瞬间土崩瓦解，顺王李自成很快就率领顺军挺进卫藏并跟艾能奇所部会师，然后各部顺军和噶举派盟友就四处出击，各地的格鲁派势力见状基本上都望风而降，毕竟吐蕃的都城都被中原军队轻松拿下，他们这些格鲁派残余也都丧失了抵抗的想法，很快臧巴汗就在拉萨宣布白教取得了最终胜利。

至此噶举派势力终于成功的入主拉萨了，不过李自成却并不打算撤出拉萨，因为此时他已经下定决心要通过白教控制卫藏和康区了，为此顺军不但在卫藏各地继续驻军，并且还积极的从李自成治下西南四川等地引进了大量汉人移民，虽然这里自然条件其实非常的恶劣，但是饱经战乱的西南汉人还是有不少为了土地而选择移居吐蕃，并且他们还带来了耕种技术和道教的信仰。

而与此同时格鲁派则一路逃到了羌藏高原，由于顺军根本无法在卫藏进行大规模的搜寻和追捕，因此格鲁派高层的逃亡也并没有遭遇多少挫折，然而在逃离拉萨后格鲁派高层的威望就愈发的低迷，结果导致大量护卫和僧侣见大势已去离开他们，这就导致格鲁派高层进入羌藏时仅剩不到千余士兵，而羌藏的自然条件比卫藏还要恶劣，这让格鲁派基本上无法在羌藏立足。

于是格鲁派只好派使者去安多找铁杆盟友固始汗，他们希望能够接受和硕特部的固始汗的庇护，然而很快格鲁派使者就得到了巨大的噩耗，和硕特部已经向大明岐王洪承畴屈服了，原来此前贺人龙不断的去追击固始汗，导致固始汗的和硕特主力越打越少，而与此同时大量汉人移民进入青海屯垦，这就让贺人龙就地有了大量的据点，贺人龙所部久经沙场武器精良，这导致和硕特部屡战屡败。

很快在贺人龙所部明军的消耗下，固始汗的主力军就损失殆尽，大量和硕特别部纷纷归顺明军，最终固始汗陷入穷途末路不得不去向明军请降，岐王洪承畴爽快的同意了他的投降并且对他很优待，他册封固始汗为安多侯并且接他到西安来穷奢极欲，这样洪承畴既安定了和硕特部降兵部众的情绪，也把固始汗调到了西安从而把他控制起来。

而格鲁派在走投无路下只能去请求洪承畴收留，洪承畴很快就非常高兴的答应了格鲁派的请求，他需要藏传佛教为己所用从从而征服西北，他首先派兵以保护格鲁派的名义控制羌藏并收编其残部，然后洪承畴直接把格鲁派武装护送到西宁，之后洪承畴就表示希望格鲁派高层以后就直接定居西宁，格鲁派此时受制于人所以只能选择去答应，而这就意味着以后格鲁派直接就成为洪承畴手中的傀儡，但此时格鲁派必须依靠洪承畴保护，而洪承畴对他们的待遇很优厚，因此格鲁派只能接受这个现实，并且他们还册封洪承畴为护教法王让他有联统藏传佛教势力的名义。